A mi me pasa algo parecido.  Estuve 7 años tomando anticonceptivos.  Despues los dejé pq queria quedarme embarazada y en el mes de octubre me detectaron 4 quistes (1 en el ovario izquierdo y 3 en el derecho).  En noviembre me hicieron otra ecografia y ya solo había 1, y en enero me volvieron a hacer otra y afortunadamente ya no había ninguno.  Lo malo es que me dieron los resultados de un espermiograma de mi marido y no podía ser peor.  Ahora le están haciendo pruebas a él, y a mi me han dejado al margen hasta que tengan su diagnostico.
La cuestión es que no quería perder mas tiempo pq tengo ya 38 años y creo que me estan volviendo a crecer quistes por las molestias que tengo y la irregularidad de los ciclos, así que a lo que se decidan a hacerme las pruebas, ya no estaré en condiciones de someterme a la ICSI, y otra vez a esperar. 
Por lo que he leido en el foro que es mejor tomar anticonceptivos hasta que se absorban, pq la medicacion los estimula mas y puede ser contraproducente.  De todas formas, los médicos tampoco te dan muchas explicaciones y le quitan importancia a todo, y tienes que fiarte de lo que te dicen, así que solo nos queda esperar que caigamos en buenas manos.
¡Suerte con tu tratamiento!.  Yo de momento seguiré a la espera.